店铺被投诉商标侵权首先需要确定自己是否确实已经侵权了他人的商标，商标侵权可向市工商局商标管理处或者工商分局商标广告合同管理科投诉，也可以向人民起诉。向工商行政管理机关请求处理的，要出具书面请求。请求书应当写明请求的事由、请求的法律依据、请求人的名称、地址、侵权人的名称及侵权行为发生地等内容。外国人或外国企业要通过委托有涉外代理权的商标代理机构办理。
《商标法实施细则》第四十三条规定：对侵犯注册商标专用权的，工商行政管理机关可以采取下列措施制止侵权行为：
(1)责令立即停止销售;
(2)收缴并销毁侵权商标标识;
(3)消除现存商品上的侵权商标;
(4)收缴直接专门用于商标侵权的模具、印板或者其他作案工具;
(5)采取前四项措施不足以制止侵权行为的，或者侵权商标与商品难以分离的，责令并监督销毁侵权物品。
一、注册商标的保护措施有什么？
行政保护措施：
(1)对侵犯注册商标专用权的，工商行政管理机关可以采取下列措施制止侵权行为：责令立即停止销售；收缴并销毁侵权商标标识；消除现存商品上的侵权商标；收缴直接专门用于商标侵权的模具、印板和其他作案工具。
(2)采取措施不足以制止侵权行为的，或者侵权商标与商品难以分离的，责令并监督销毁侵权物品。
(3)对侵犯注册商标专用权，尚未构成犯罪的，工商行政管理机关可根据情节处以非法经营额50%以下或者侵权所获利润5倍以下的罚款。对侵犯注册商标专用权的单位的直接责任人员，工商行政管理机关可根据情节处以1万元以下的罚款。
民事保护措施对侵犯商标专用权的，被侵权人可以直接向人民起诉，要求人民依法责令侵权人停止侵害，消除影响，恢复名誉，赔偿损失及承担其他民事责任。
二、对侵犯知识产权有如下处罚方式：
1、责令停止侵权行为，消除影响；
2、依法封存有可能转移、隐匿、销毁的有关财物、资料；
3、消除现存物品上侵权的商标标识、特殊标志、专利标记、作品和其他创作成果；
4、收缴并销毁侵权商标标识、专利标记、特殊标志；
5、收缴直接用于侵权的模具、印版和其他工具；
6、侵权商标、特殊标志、专利、作品和其他创作成果与物品难以分离的，责令并监督销毁。